目前食品企業最常用車間的清潔消毒產品是75度的酒精，臭氧，紫外燈，二氧化氯，還有的企業甚至還在繼續使用甲醛。了解并合理的運用相關的消毒產品，更有利于食品企業微生物超標控制。
酒精優點：無色無味，揮發性快；但是醇類弱消毒劑，對于凹凸面的穿透力不強；對病毒、芽孢的殺滅率低；易燃易爆，不易大面積車間噴灑；成本高，不安全。
紫外燈利用其產生的紫外線輻射進行物體表面和空氣的消毒滅菌，操作簡單，價格便宜，管理方便，不添加產生有毒有害物質；
缺點：紫外線強度，隨著使用時間的增加而減弱，因而消毒殺菌能力不斷減弱。
2、紫外線穿透力弱，僅能殺滅直接照射到的微生物，容易被生產設備阻擋出現死角，影響殺菌效果。 受濕度的影響較大，相對濕度>80%時，不宜使用。 紫外線照射物體表面距離不宜>1.50m，紫外燈開機不能有人上班時使用
二氧化氯殺滅范圍廣，對細菌、真菌、病毒、芽孢、艾滋、乙肝等都有很好的抑制和殺滅效果；不受溫濕度、PH值等因素影響；可根據不同對象來稀釋成不同使用濃度；缺點：有刺鼻性氣味；有活化的環節。
甲醛對車間空氣消毒作用時間長，影響生產。如甲醛熏蒸：消毒時間12h，靜置4 h，排風8h，消毒一次最少需要24 h。消毒一次要停產2~5天。需要設置排風系統或設施，易產生二次污染。有強烈的刺激性氣味，去除殘留氣味時間長，對生產操作人員身體有害，有致癌作用。
