水產養殖業水產育苗這一環節遭受到水源污染的威脅，使養殖業危機四伏。現行的養殖技術已不能保證可持續發展的要求，必須革新。現行的水源處理采用氯，石灰等物質，雖然起到殺菌滅蟲的作用，但造成的二次污染不可避免地而敏感地危害著幼苗的存活率和影響幼苗健康生長。應用臭氧發生器技術凈化育苗水源，不但起到殺菌消毒分解污染物的作用，而且不產生二次污染，反而使水體增氧，起到一舉三得的積極作用。
國外工廠化水產養殖普遍采用臭氧技術凈化水源。臭氧凈化育苗水源第一步驟：將經過沉淀池自然沉淀和砂石過濾后的水混合進臭氧送到育苗池中。掌握在每升水含臭氧濃度不低于0.2mg即0.1ppm，就達到殺菌消毒分解污染物的作用。水產養殖水的殺菌處理時，要注意臭氧水濃度過高及過濾、曝氣不夠，影響小魚生長，可加裝緩沖池或投加硫代硫酸鈉降低臭氧濃度再投加到養殖池。臭氧在凈化過程中還不會改變海水的原有成分，能保持水中所含的對幼苗有益的礦物元素。第二步驟：在育苗池水中泵入空氣增氧時，每天定期加充臭氧，追蹤凈化水質，消除因投放飼料帶入細菌病毒及其它污染物。增氧時追加臭氧發生器凈化效果直觀，池中的水清澈見底，不發臭，沒有過多的藻類。第三步驟：采用臭氧對場內空氣的殺菌，消毒除異味，讓泵入池水中的空氣保持衛生狀態。三步結合，實施立體化的殺菌消毒凈化的措施，有效地遏制幼苗病害的發生。在水產養殖中臭氧發生器作用不是單純用來殺菌，更大的作用是抑制藻類的繁殖和增加水中的溶解氧。可降低新水率，減少因換新水而帶進的污染。可減少用藥量，減少因用藥物而產生的二次污染，可降低死亡率
利用臭氧發生器凈化育苗水源的同時也改變了幼苗腸道微生態環境、在幼苗腸道內減少了以宿主營養為生的細菌數量，減少了幼苗營養消耗。還使有益菌分泌的淀粉晦活性增強，提高了幼苗對食物營養成分的利用率，增加了幼苗營養的供應，促使幼苗健康生長。
臭氧水對水產養殖中一些致病魚蝦的病菌、病毒如鰻弧菌、癤瘡病菌、肝狀病毒ＨＩＶＶＲ、神經壞死病毒及腹水性病毒ＹＡＮ等均能有效殺滅。
通過對各種水產育苗的試驗，應用臭氧技術使幼苗處在接近自然的環境下生長，明顯地提高了幼苗的成活率而且苗仔健壯，經濟效益非常明顯。特別是與總體投入相比屬于低投入高回報的明智選擇。
