盡管在我國的GMP驗證中早已推薦了臭氧滅菌方法，但臭氧在藥品生產的應用是在近幾年才得到一個蓬勃發展的機會。使用成功的主要有以下幾個方面：
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一、容器的消毒滅菌
在藥品生產中，壇壇罐罐用得很多，分別用管道閥門，儀表連接起來，組成一個生產單元。對它的消毒，傳統方法中比較好的是用酒精浸泡。反應罐，貯存罐小的一噸半噸，大的十噸幾十噸，都要灌滿酒精，酒精用量之多可想而知。消毒完畢后，再將酒精放掉，但在轉彎抹角處，儀表閥門的接頭處，還會有酒精的殘留，去除這些殘留酒精，要用氮氣吹，直到吹干為止。酒精用量多，消毒時間長，操作過程復雜。用高壓蒸汽也存在同樣的問題，都很費力。
現在用臭氧消毒技術來代替，相對來說要省事得多。具體方法是：將高濃度的臭氧直接打入管道容器，保持臭氧一定的濃度，就可以達到消毒滅菌的要求。因為是對管道容器進行內表層的消毒，所以臭氧濃度要控制的高一點，一般設計濃度大于20ppm。
用臭氧對管道容器做消毒滅菌的優點非常明顯，臭氧發生器可以流動使用，對不同的罐進行消毒，每個生產單元在每次換料前，都可以及時得到消毒，使用效率很高，也很方便，不要用那么多的酒精、氮氣，也不要用高壓蒸汽。所以在制藥廠能夠得到很好的推廣。
用于制消毒用水的YT-S型系列臭氧水機消毒設備，水中臭氧濃度可達3-4個PPM左右，每小時可處理1噸的消毒水，功耗僅有1.3kw。
YT-S型系列消毒滅菌設備，是我公司最新研發的高濃度臭氧消毒設備系列產品之一，該產品通過新型高效的臭氧發生器產生高濃度的臭氧，采用二次混合和二次吸收使之與水混合，生成高濃度的臭氧水（消毒液），可在短時間內殺滅大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等細菌繁殖體和破壞乙肝（HbsAg）抗原，清除異味，快速分解農藥、化肥等有害物質。經衛生部權威部門檢測，該設備生成的臭氧消毒液對物體表面的細菌殺滅率可達99.99%。對未溶入水中而殘留在尾氣中的臭氧，可通過尾氣破壞器去除，使呼吸帶臭氧濃度符合國家公共場所衛生標準，該設備可應用于管道、器皿等用水清洗和消毒的場所，具有無殘留、無二次污染、殺菌速度快，無死角、效果好、設備體積小、能耗低、穩定可靠、易于操作等特點。
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二、中央空調凈化系統對潔凈區的消毒滅菌
在制藥廠，一般來說，潔凈區面積較大，多有中央空調凈化系統完成對各潔凈區的凈化消毒。傳統的消毒方法是用甲醛等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛熏蒸的弊病較多，用臭氧消毒取替是一個很好的方法。其方法是將臭氧發生器直接放在空調凈化系統的風道中，稱為內置臭氧發生器。臭氧隨著風道的氣流，送入各潔凈區，對潔凈區進行消毒滅菌，剩余臭氧吸入回風口，由中央空調帶走。也可以將臭氧發生器放在中央空調風口的外面，將臭氧打入中央空調的風道中，然后被送入各潔凈室，稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但制造成本要高一點。兩種方法消毒效果都是一樣的。按照衛生部消毒技術規范的要求，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm，但事實上，潔凈區的消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒，所以，設計時的濃度一般應大于10ppm。每天上班前開機1-2小時，下班后開機1小時，就可以保證一天內潔凈區的浮游菌和沉降菌達到GMP的要求。
從使用臭氧進行滅菌的制藥廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格。完全替代了令人頭痛的甲醛熏蒸大消毒。同時，使非生產作業減少，能耗減少，取得了滿意的效果。
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三、空間的消毒滅菌
對于中央空調凈化系統以外的潔凈室，或需要滅菌的其他房間則需單獨進行滅菌處理。方法是選用HY-009型臭氧發生器，直接安裝在該房間內。根據需要設定消毒時間，消毒結束便自動關機，所以使用非常方便。按房間空間體積的大小選型使用。只要滿足臭氧濃度的要求，就可以達到消毒滅菌的目的。比用化學試劑對房間的熏蒸要省事得多，可完全代替化學熏蒸，縮短消毒時間，避免二次污染。
四、物品的表面消毒滅菌
在藥品生產過程中，常常要對原材料、工具器材、包裝物、生產場所等進行物體表面消毒。傳統的方法是用紫外線消毒，但消毒不徹底，存在消毒死角，衰減快，對于特定環境中的某些細菌無法殺死等種種弊端。《消毒技術規范》中介紹，對于浸沒在臭氧氣體中的物體表面，接觸一段時間，可將表面細菌殺死。
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適用范圍：
1、配合空調凈化通風（HVAC）系統的HY系列：該系列臭氧產量大，為分體設計，作空氣消毒滅菌和制藥車間大消毒；
2、臺式可移動系列：用于局部及單間滅菌（空氣和表面），包括控制區緩沖間、傳遞間、過濾設施等；
3、消毒柜系列：用于工作服、包裝材料，各種物料、器皿等消毒滅菌。
五、水的消毒滅菌?
在制藥廠用水的地方較多，有醫藥用水，消毒用水，清洗用水及飲用水等區別。根據不同的水質要求，采用不同的工藝流程，消毒工藝則用一般的臭氧水處理方法即可達到滿意的效果。
