（1）水體消毒
臭氧在水處理中的主要用途是消毒。在水消毒估算臭氧投放量時，必須考慮所要求的消毒程度、進水類型和水質穩定性。經過預處理去除水中主要耗氧因素，如亞硝酸鹽、色度、懸浮物以后，臭氧投量可減少90%。臭氧可增加生物有機體細胞的通透性，使細胞內物質外流而失活，破壞細胞內酶系統或進入細胞內破壞其核酸化學性質，因此能滅菌和消毒。
（2）臭氧對赤潮的解毒作用
赤潮的危害是由赤潮生物的有害物質或有害代謝產物引起的。赤潮生物大量繁殖可導致水體缺氧。赤潮生物產生的有毒代謝物使水質惡化，這對海產生物幼體的生存十分不利。在海水魚蝦育苗中，因赤潮而引起苗種大量死亡的事故時有發生。有報道采用添加化學物質的方法，然而在海水養殖設施內用這種方法來控制赤潮并不是很理想。外國有人研究出臭氧對赤潮毒素也有滅活作用。用臭氧處理發生過赤潮的海水，再供水族館、海水養殖場，是一條安全有效的途徑。
（3）改善水質和預防水生動物疾病
臭氧能夠改善水質，對預防水生動物疾病有較好的效果。在閉路循環養殖水體中，運行中的主要問題有有毒物質的積累，特別是氨氮和亞硝酸鹽。當這種水循環系統生物負載增加，浮床的硝化作用不完全，廢物在24小時內發酵分解便可達有毒程度。但引入臭氧后，閉路海水系統在24小時內相對穩定，氨氮和亞硝酸鹽的積累明顯下降。
（4）貝類凈化
在法國和美國等國家。用臭氧凈化貝類已成為商業國模，被污染的杜蠣經臭氧處理后得到了凈化；臭氧可在48小時內有效地去除污染的大腸菌類。我國的海、淡水貝類資源相當豐富，但由于近海沿岸水體污染，導致資源利用受到限制。如，食用被污染過的毛蚶攜帶甲肝病毒的情況進行研究，探討臭氧對毛蚶體內甲肝病毒的殺滅機制，用臭氧凈化毛蚶有可能是一條可取之路。關于臭氧凈化貝類的實用性研究，有待進一步研究。
